"מתחילת שירותו בצה"ל הסתמן איזנקוט כחייל שנאבק על עקרונות וסולד מגינונים. לאורך כל דרכו בחטיבת גולני מעולם לא חשב שצריך לגלח את הראש או להתקין את הכוונת הכי משוכללת על הנשק כדי להיראות יותר מורעל. הנער שאהב להשיט מפרשיות במפרץ אילת התגייס לחטיבה ב-1978, וכבר בטירונות סיים כמצטיין פלוגתי אף שלא נחשב לרובאי הטוב בפלוגה. אחרי קורס קצינים חזר לגדוד 51 ולחם כמ"פ במלחמת לבנון בעין א-תינה, בנבטייה, בג'זין ובשדה התעופה בביירות. בתום המלחמה יצא לאזרחות, אבל אחרי שלושה חודשים שיכנע אותו אילן בירן לחזור כמ"פ לבית הספר לקצינים, תפקיד שאחריו מונה למפקד פלוגת הנ"ט של החטיבה.
כבר אז הוא לא היסס להתעמת עם הממונים עליו. כשהורה לו מח"ט גולני צבי פולג (פרקש) להחזיר את חייליו מרגילה כדי שיעזרו להכין יום ספורט חטיבתי, איזנקוט הודיע שאין לו שום כוונה להחזיר חיילים מהבית למשימה כזאת באמצע חופשה שחיכו לה חודשים ארוכים. פרקש זעם וקיצר את התפקיד של איזנקוט בפלוגה. גם המקרה הזה לא פגע בהמשך הקריירה שלו בצבא.
כמו רבים מבני דורו בצה"ל גדל איזנקוט בלחימה באזור הביטחון בדרום לבנון. הוא היה מג"ד 13, סמח"ט גולני וקמב"ץ פיקוד צפון, עד שהחליף את חברו ארז גרשטיין ז"ל בפיקוד על החטיבה ב-1997. בקור רוח ובחיוך פיקד על שורה ארוכה של מבצעים של החטיבה בלבנון שבמהלכם חוסלו כ-40 אנשי חיזבאללה. יש לו סבלנות רבה לחיילים ואפס סובלנות למשמעת. כשנאלץ להתמודד עם מרידות בחטיבה פעל לשינוי הנורמות בפלוגות הוותיקות ולצמצום זכויות היתר של חיילים ותיקים מול צעירים. קור הרוח לא עזב אותו גם כשקיבל את הידיעה על נפילתו של חברו לדרך גרשטיין ממטען בלבנון בפברואר 1998. איזנקוט אסף את חמו ואת חמותו של ארז ואיתם נסע להביא את הבשורה הקשה לאלמנה הרטל גרשטיין.
יש האומרים שככל שהתקדם בתפקידים, כך נגלו האיכויות של איזנקוט כמפקד וכקצין חושב. גם כששירת תחת שני אלופים שלא נודעו בעודף הסבלנות שלהם – איציק מרדכי וגבי אשכנזי – הוא לא היסס להשמיע דעות לא מקובלות. בפיקוד הצפון של אותם ימים, כשבכל בסיס ומוצב הופיעה הכתובת "המשימה – הגנה על ישובי הצפון", העז איזנקוט לטעון כי הבנות "ענבי זעם" עם החיזבאללה ב-1996 הפכו את אזרחי הצפון למגיני החיילים, וזה אמור להיות ההפך.
הדעתנות הזאת משכה את תשומת ליבו של אהוד ברק כרמטכ"ל ואחר כך כראש הממשלה וכשר הביטחון. כשהגיע כראש ממשלה לבקר בחפ"ק של מבצע של סיירת גולני, ברק פנה לאיזנקוט בנוכחות הרמטכ"ל מופז והציע לו לשמש מזכיר צבאי. איזנקוט, שכבר סיכם על תפקיד אחר, אמר שיעשה כל מה שהרמטכ"ל יורה לו. וכך הוקפץ מתפקיד מח"ט אל לשכת ראש הממשלה.
בניגוד לנטייה הטבעית של קצינים בתפקיד המזכיר הצבאי, איזנקוט חתר דווקא לצמצם את סמכויותיו וביקש לעסוק בעניינים צבאיים טהורים. וכמו בגולני, גם בלשכת ראש הממשלה הוא לא היה סחבק. הוא נרתע מאירועים נוצצים ומהתחככות חברתית, ואולי משום כך סיים בהצלחה כהונה כמזכירם של ראשי הממשלה ברק ושרון בלי שדבקו בו רבב פוליטי או השתייכות לפורום כזה או אחר. את שעות הפנאי שלו הוא מעדיף לבלות עם אשתו ועם חמשת ילדיו, ולא לצידם של בעלי ממון או שועי עולם.
קונפליקט איראני[SIZE=4]
בשיאה של האינתיפאדה השנייה, ב-2003, איזנקוט מונה למפקד אוגדת יהודה ושומרון והוביל את הלחימה שהצליחה לבסוף לדכא את הטרור הפלסטיני. הוא דרש מפקודיו להתנהל בלי אגו, כפי שנהג בעצמו, ובסופו של דבר הצליח להפסיק את מלחמות הטריטוריה בין צה"ל לשב"כ שבמשך שנים היו מכשול במאבק בטרור. כשבן טיפוחיו רון וייזל, מפקד דובדבן, סירב להשאיל רכב למבצע של הימ"מ, הודיע לו איזנקוט שיש לו שתי ברירות: או להשאיל את הרכב או להיות מודח לאלתר מהתפקיד. וייזל ויתר, ושאר הקצינים הבינו את המסר.
מלחמת לבנון השנייה תפסה אותו בתפקיד ראש אגף מבצעים במטכ"ל. כבוגר לבנון ניסה איזנקוט להסביר את הצורך במהלומת אש קשה על חיזבאללה ועל תשתיות בלבנון; הוא הציע לגייס מילואים מיד כדי להתכונן למהלך קרקעי, אבל המליץ להימנע מפעולה קרקעית ולהתמקד במערכה אווירית קצרה ככל האפשר. בסופו של דבר הוא נאלץ לראות את צה"ל מדשדש באדמת לבנון 33 יום ומותיר שם מחיר דמים כבד. כמי שהיה חתום על רוב פקודות המבצע שיצאו בימי המלחמה הוא ניסה כמה פעמים להתריע על חוסר הבהירות בהגדרת המשימה לכוחות ועל חוסר התוחלת שבהפעלת כוחות קטנים מדי, אך דעתו לא התקבלה ברוב המקרים.
ועדת וינוגרד ציינה שבכל התייעצות עם הדרג המדיני הקפיד איזנקוט להשמיע את דעתו ולציין שהיא שונה מעמדת המטה הכללי של דן חלוץ. השפעתו לא הייתה רבה כאמור, ולמרות התואר החשוב שמילא במלחמה הוא לא נפגע ממסקנות הוועדה." (מתוך הכתבה "ערוך ומוכן" מאת אלון בן דוד, מגזין "בלייזר" ינואר 2013, עמוד 49)

"לא חוזרים עד שמבצעים"(המוטו של גדוד 890 של הצנחנים, כפי שניסח אותו מפקדו אריק שרון)
"איפה האופניים שלך עכשיו? תאר לעצמך, שאתה יורד עכשיו למטה, למקום הרגיל, אבל האופניים לא שם. עצור את עצמך ברגע הזה, בשנייה שאתה מגלה שהאופניים לא שם, ותכפיל את הרגע הזה פי אלף. זאת המלחמה." (מתוך הספר "גוף שני", מאת עפר שלח, "זמורה ביתן", 1989, עמוד 92)
"סבלנות התמדה ולעיתים כדור בין העיניים" (סיסמת המארינס לללוחמה בטרור, אותה אימץ בשעתו מפקד גדוד 890 של הצנחנים, אמיר ברעם, כמוטו גדודי)
"המבחן שלנו כצבא הוא מבחן היכולת ולא מבחן הכוונה." (מתוך ההרצאה שנשא האלוף גדי איזנקוט "מאפייניו של עימות אפשרי בזירה הצפונית ובעורף" בסמינר לזכר חללי מלחמת לבנון השנייה שנערך באוניברסיטת חיפה ב־30 בנובמבר 2010)
"אני חושב שצנחנים מחזיקים מעצמם כמחויבים למשהו שכולם מחויבים אליו, אבל הם רוצים קצת יותר. זה לא שאנחנו פועלים מאחורי קווי האויב - אנחנו לכאורה כמו כולם. אז מה בעצם ההבדל? זה שצנחן עושה הכול וקצת יותר. זה מחייב אותך ביוזמה, בהובלה, בדוגמה אישית בקרב - וגם בקימה בפני שיבה באוטובוס." (הרמטכ"ל בני גנץ על השירות בצנחנים. מתוך הכתבה "מסיבת גנץ" מאת יוני שנפלד ונועה הורוויץ, "במחנה", 6 בינואר 2011)