- מבנה מורכב, הכולל, כפי שהוסבר כאן יפה, מעטפת חיצונית חזקה למדי וגוף לחץ חזק מאוד. בבניית גוף הלחץ נעשה לעיתים שימוש במתכות חזקות ויקרות במיוחד. הסובייטים הרחיקו לכת בזמנו ובנו צוללות עם גופי לחץ מטיטניום.
- הנעה. בצוללות גרעיניות מערכת הנעה מורכבת ויקרה (אם כי חסכונית בטווח הארוך). בצוללות קונבנציונאליות מערכת הנעה כפולה: דיזל לשיוט על פני המים וחשמלית לשיוט תת-ימי.
- מערכות. בצוללות מותקנות בד"כ מערכות יחודיות שאינן מויצרות לאף שימוש אחר. היות וצוללות מיוצרות בסדרות קטנות יחסית, כך גם המערכות. דוגמא מצויינת לפרוייקט שמחירו עלה משמעותית כתוצאה מכך הן צוללות ה"סי-וולף", אשר מחירן הוא סקנדל בכל קנ"מ.