כן, נתקלתי בבעיה דומה - אומנם זה היה ב OpenSUSE אבל אני מניח שמה שקרה לך הוא אותו דבר.
לפי מה שאתה אומר, יכול להיות ש "Screen Resolution" החליט לעבור למצב Xinerama בהתאם לרזולוציה שקבעת.
מה שקרה לי הוא שעברתי למצב Xinerama, התוכנית שינתה לי את xorg.conf שיעבוד כך.
הבעיה היתה שלא משנה איך ניסיתי להוסיף ידנית את Xgl אל הקונפיגורציה, זה לא עבד... מה שגרם לקומפיז לא לעלות. זה היה לפני כמה חודשים ולא הצלחתי למצוא לזה פתרון.
בעמוד הזה: http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=221174 (הוא קצת ישן), מצויין בחסרונות של Xinerama שרנדרים של 3D יכולים לעבוד רק על מסך אחד, יכול להיות שזה גם מפריע ל Xgl לעלות?

לא הצלחתי בזמנו (לא לפני הרבה זמן) לפתור את הבעיה.
ניסית לעבוד ב TwinView?