השורש העיקרי למחלוקת הראשונה באסלאם היה הבנת יתרונותיו של האסלאם: שליטה, כח וממון, כמו בגיוס מתמיד של אנשים לצבא האסלאם. החוזה החדש ה-"עהד אל-אומה" (ראה לעיל), חוזה אשר ביטל לכאורה את היריבויות האין-סופיות בין השבטים הערביים, יצר גוף חדש ועצום הוא דאר אל-אסלאם, האומה האסלאמית.

אבו בכר היה המנהיג הטבעי והראוי ביותר לרשת את מחמד מתוך גילו נסיונו וחכמתו, זאת במיוחד לאור המחלוקת בין אנשי המהגירון ואנשי האנצ'אר, שהרי בשבטי ערב היו בוחרים יורשים על-פי חוק הבכירות ולא על-פי חוק הבכורה. אך אבו בכר לא היה ממשפחת "הנביא", היא משפחת האשם, שעל כן טרח להוריד את המשפחה מגדולתה שהרי עם נצחונות מחמד התעשרה האחרונה וכבודה עלה. למעשה בחירת אבו-באכר היתה מחטף של עמר אשר היה הראשון להציע לו את המנהיגות, שכן שמע שאנשי האנצ'אר פתחו בישיבה לבחירות, אך היו בינם ובין עצמם מסוכסכים עוד מתקופת הבערות, ולא הסכימו לגבי יורש השלטון. עלי עצמו היה עדין צעיר ותמים ועדין לא חשב כלל על השלטון, מה גם שלא היה מתאים, כמו שעל פי המסורת השיעית, היה עסוק בהכנת גופתו של מחמד לקבורה - ברחיצתו וטהרתו. שעל כן בחירת אבו בכר נפלה כרעם ביום בהיר, ואילו אבו בכר עצמו, לא המתין שמתחריו יתאוששו, ופעל למען חיזוקו מצד אחד ומצד שני להחלשת אהל-אל-בית ומחנה האנצ'אר.
גדולתו של אבו בכר התבלטה לעין מיד, שכן התעקש להכניע את המורדים באומה החדשה, שבטים ערבים בצפון ערב ומרכזה, וזאת בלי פשרות - מאבקי הרידה. משהצליח אבו-בכר לישר את כל ארץ ערב על-פי רוח האסלאם לא היה עוררין לשלטונו.
בעוד אבו-באכר התייחס לאנשי מכה, אשר היו עד-זה-לא-מכבר אויבי האסלאם, בחשדנות, העלה עמר עם עלייתו לשלטון את קרנם, כמו שהמשיך בהעדפת אנשי המוהאג'ירון על-פני כולם. לאנשי האנצ'אר לא נותר הרבה מקום בעולם החדש מלא האפשרויות והעושר, עם כיבושי עומר את עיראק, סוריא, ארץ-ישראל ומצרים. כיבושים אלו היו תוצאה של הצורך בסיפוק צרכי האסלאם מצד אחד, והצלחתם נבעה מהיחלשות שתי המעצמות הסאסאנית והביזנטית אשר הקיזו את דם רעותה במאה ה-7, מצד שני. לסוריא שלח עמר את חברו הוותיק אבו-עובידה ואת סעד-אבן-ווקאץ שלח לתפקיד מפתח בעיראק. בין בני מכה העלה את משפחת אומיה - יזיד ומעאויה בני אבו ספיאן - ומצד שני הוריד את קרנם של בני משפחת מח'זום אשר קודמו על-ידי אבו-באכר - ח'לד אבן אל-וליד, אשר זכה לכמה נצחונות מזהירים ועכרמה אבן אבו-ג'הל. כלומר שעומר חילק תפקידים לבעלי הסאביקה הגבוהה יותר - על-פי הקדימות האסלאמית. עם זאת לאנשי האנצ'אר לא נותר מקום, כמו שאישים שהיו לפני הגעת האסלאם בעלי שררה וכבוד בשבטיהם ירד מעמדם קשות ואנשיהם לא מצאו שפה משותפת עם השליטים החדשים מהחיג'אז. כיבושים אלו הצריכו העברת אוכלוסין מערב, כדי לחזק את מעמד האסלאם, ולווה ייסוד ערי מצב כגון פסטאט במצרים, ואל-כופה בעיראק. הג'זירה סופחה לידי מעאויה שליט דמשק באמצעות הח'ליף עתמאן ויושבה באופן שונה מאשר בעיראק. הארץ חולקה לנפות על-שם השבטים המיושבים, כגון דיאר באכר, דיאר מצ'ר וכו'. בניגוד ליישוב עיראק יושבו בג'זירה שבטים צפוניים, אשר לא נטשו את אורח חייהם הנוודי כמו את התרבות המסורתית, שכן שוכנו אלה בשטחים לא מיושבים, הרחק מהערים.

עת'מאן הח'ליף לא השכיל להבין את המצב לאשורו לאחר רצח עומר, ושינה את המדיניות כמו שהעלה את אנשי שלומו על-חשבון אנשים אחרים כגון עמר אל-עאץ כובש מצרים ומושלה, אותו פיטר. כפי שכבר הוזכר הוא הציב את מעאויה קרובו כמושל דמשק. כך נסתייעה ברית-מקופחים בראשות עלי ועאישה ואנשי הקראאה אשר היו מוותיקי האסלאם אשר בכופה. האחרונים התנגדו לעת'מאן אשר ביקש לרכז את השליטה בידיו. כך דאג שעודף הכנסות המיסים יועברו לאל-מדינה ולא יוותרו במחוזות, ועורר תסיסה באל-כופה ואף באל-מדינה. תנועה עממית התומכת בעלי קמה ראשית באל-כופה ובראשה אנשי קראאה אשר קראו להסרת הח'ליף עת'מאן מכס השלטון ולתמיכה בעלי. כך החלו מהומות במצרים בבצרה ובאל-מדינה, על-מנת ללחוץ על הח'ליף להתפטר. עלי אמנם ביקר בחריפות את מדיניות עת'מאן ואת חוסר תפקודו אך מצד שני נזף באלה מתומכיו אשר ניסו להוריד מערך אבו-באכר ועומר. שעל כן נרצח עת'מאן בשנת 656, ואנשי עלי העלוהו על כס הח'ליפות. עם זאת נתגבשה קואליציה חדשה נגד עלי בראשות מעאויה, מה גם שעלי לא נבחר פה-אחד כמקובל. כך נוצרה ה'פתנה' הראשונה בדאר-אל-אסלאם, "מלחמת-האחים" חברי ה'עהד-אל-אומה'. בקרב ציפין בשנת 657, היתה ידו של עלי על העליונה, אך הוא הסכים לבוררות לפי תביעת מעאויה מתוך תמימות, שהרי באמת ביקש את תמיכת הכלל, את הבסיס וההכרה החוקיים לשלטונו. כך יצא וידו על התחתונה שכן מצד אחד איבד את אנשי הקראאה, וותיקי האסלאם אשר התנגדו לבוררות בכל תוקף שכן השכילו להבין את תכסיסי מעאויה, ותמכו בעלי אך ורק מתוך רצונם בשלטון הם, ולא היו מתומכיו האופייניים. מצד שני הבוררות לא העלתה דבר אך אנשי מעאויה ניצלו את התנאים הקיימים והמעמד הציבורי להמליכו. עלי הבין את טעותו מאוחר מדי ופרק את תסכולו באנשי הקראאה אשר כונו 'ח'אריג'ים', הפורשים, בהם הוא ערך טבח איום בנהרוואן. עלי נרצח בשנת 661 על-ידי ח'אריג'י אשר ביקש לנקום את רצח אחיו. עלי סירב לקבוע יורש בהיותו פצוע אנושות, אך אל-חסן בנו הבכור נכד מחמד הוכר כיורש ללא עוררין. אל-חסן אמנם ויתר למעאויה על המלוכה, אך זאת רק על בסיס חוזה אשר התנה חנינה כללית ובטחון חיים-ורכוש לסיעת-עלי, ואשר מנע ממעאויה את הזכות להעמיד יורש לעצמו. על-פי גרסה אחת קבע החוזה שאל-חסן יהיה יורש מעאויה בשלטון, על-פי גרסה אחרת, יבחר הח'ליף באמצעות ה'שורה', שקבע הח'ליף עמר. אל-חסן הורעל, על-פי החשד באמצעות אשתו המוסתת על-ידי מעאויה. השיעה פנתה עתה לאל-חוסיין אחי חסן, אך הלה סירב לפעול כל עוד מעאויה בשלטון, כנראה מתוך הכרתו בחוקיות החוזה שנחתם עם מעאויה. כך נסתימה תקופת הראשידון בפילוג האסלאם לשלושה ראשים: סיעת עלי - השיעה - אנשי 'אהל-אל-בית', הם תומכי 'משפחת הנביא' אשר רואים בראשידון את גוזלי-השלטון, הח'אריג'ים - התובעים להציב על כס הח'ליפות את "המוסלמי הטוב ביותר" והקבוצה השלטת אשר תנכס לעצמה את הסונה'.
ימי מעאויה חלפו בשקט יחסי ובהתרחבות האסלאם לאפריקה ועד ספרד, אך מעאויה כפי שכבר נראה היה מחרחר ריב ונקמן באופיו, שעל-כן עורר מהומה נגדו בהוציאו להורג כמה נכבדים שיעים בכופה. מעשה זה נועד למחוץ את המחנה הכמוס נגד השלטון האומיי. בנוסף, הורה מעאויה תוך הפרת רוח החוזה בינו לאל-חסן, אם לא מילה-במילה שלו, ליד-ימינו באל-כופה, אל-מוג'ירה אבו-שובה, לקלל את עלי מעל בימת המטיף במסגד, בתפילת יום השישי, ולעמוד על-כך שיהיו נוכחים מספר מנהיגים שיעים באירוע. כך עורר מהומה-רבתי באל-כופה וזיאד, ממלא-מקום אל-מוג'ירה ניצל תקרית זריקת גולות על סגנו במחאה על הקללה שהוטלה על עלי, לתפוס כמה נכבדים שיעים. נכבדים אלו סירבו לקלל את עלי, שעל-כן הוצאו להורג. תקרית זאת במקום למחוץ את מחנה-ההתנגדות לבית אומיה, הדליקה חומר נפיץ בשיעה בכופה.מעאויה החליט בכל מחירלמסור את השלטון בידי בנו יזיד. דבר זה עמד בניגוד למקובל עד עתה וכך צפו חזרה כל מתנגדי בית אומיה. אל-חוסיין, נסוג למקום-מבטחים במכה מאל-מדינה ביחד עם כמה אנשי כבודה מוסלמים, מתוך חששם להיות נאלצים להשבע-אמונים ליזיד אבן-מעאויה. חוסיין בן עלי התפתה להגיע לאל-כופה, שם הובטחה לו תמיכה, אך נלכד על-ידי אנשי מעאויה ונטבח ביחד עם עוד כ-20 אנשים ממשפחת אהל-אל-בית בכרבלא בשנת 680. מכאן ואילך איבדה השיעה את תמימותה, מורידה את ראשה ונוהגת כארזי-הלבנון ולא כאלוני-הבשן. כך פיתחה השיעה את ה-'ת'קיה', ההסתתרות, השיעה הרואה-ואינה-נראית.
על-מנת לחדד את המושג 'משפחת הנביא', נחזור אל "הנביא" ומשפחתו. מחמד ועלי היו מבני משפחת האשם, מחמד היה אבן עבדאללה ועלי היה אבן-אבו-טאלב. משמת מחמד ועלה אבו-באכר, הפקיע האחרון את רכוש "הנביא" שכן רכוש זה היה מורכב מה'קומס' חמישית שלל-המלחמה שניתנה למנהיג, וה'פאי', רכוש שנפל בידי האסלאם כבדרך-אגב, כגון האדמות.בכך ירדה 'משפחת הנביא' מגדולתה ואיבדה את חלקה בשלל זה. משפחת האשם מיחתה לשוא כנגד התפתחויות אלה ולכן סרבה להשבע אמונים לאבו-באכר. שלילת הזכויות של "משפחת הנביא", היתה המניע העיקרי להתפתחות ה'שיעה'. עם זאת משפחת האשם לא מסתכמת בשני אלה והיו עוד בני-משפחה כגון בני אל-עבאס שהיה דודם של מחמד ועלי כאחד. אמנם עלי הוכר כמנהיג משפחת האשם בדרך-כלל שהרי היה קרוב אל "הנביא" מאד ואף היה נשוי לבתו פאטמה, אך מצד שני תמיכת השיעה הקדומה לא חייבת היתה להיות אך-ורק לעלי אבן-אבו-טאלב. כך היתה מודעות רחבה בזכויות משפחת האשם כולה כפי שאנו רואים בשירת אל-קומייט - 'האשמיות' או 'משפחת האשם'. התמיכה נחלקה גם על בסיס מקומי, כגון בבצרה צאצאי אל-הארית' אבן-עבד-אל-מטאלב אבן-האשם זכו לתמיכה מכיון שחיו שם. עלי וצאצאיו זכו לתמיכה בכופה, שכן שם היה מרכזם. מכאן נובעת המסקנה שתביעת בני אל-עבאס לא היתה "בלתי חוקית",בעיני השיעה הקדומה.עלי עצמו הבהיר שהוא מחשיב את "משפחת-הנביא" בלבד כמקור חוקי יחיד לשלטון, כל עוד ישנו אחד מתוכה שמסוגל לדקלם את הקוראן, ושמכיר את ה'סונה'. על-כן הבחנות בסיסיות אלו באמונת השיעים, מחזירה אותנו אל עלי כמייסד השיעה. עובדה זאת היתה למורת רוחה של ההיסטוריוגרפיה הסונית שכן עלי נחשב גם על ידי הסונים, שעל-כן הפיצה את דמותו של עבדאללה אבן-שבעה היהודי תימני האכזר, כמייסד ה-'שיעה'.על פיה, הוא היה הראשון לעורר את המרד נגד עת'מאן והמציא את ה-'רג'עה' (היעלמות) של עלי, ואת חזרתו לתחיה. רק עובדה אחרונה זאת, רעיון הרג'עה, יש לה בסיס היסטורי כלשהו בהיסטוריוגרפיה הסונית דלעיל, למעשה הטבח בכרבלא הוא שהפך את השיעה ל-'שיעה'.