ויקיפדיה ואנצ' YNET
. בארי הקדיש תשומת לב רבה לענייני "המחלקה הפנימית", אשר עסקה באיסוף מידע אחר ארגוני האצ"ל והלח"י, ויהודים החשודים בבגידה ושיתוף פעולה עם האויב. בזמן כהונתו כראש הארגון, עוררו אישיותו ומהלכיו התנגדות בקרב כמה מבכירי הש"י. על פי טענות יריביו, היה בארי מעורב בכליאתם וחקירתם בעינויים של מספר אזרחים יהודים, אשר נחשדו בבגידה או היו מקורבים לחשודים בעבירה זו. מידת האמת הטמונה בטענות אלו אינה ידועה בבירור.

במהלך כהונתו כראש הש"י וראש מחלקת המודיעין בשנת 1948 נקשרו בשמו של איסר בארי שלוש פרשיות מעוררות מחלוקת:

פרשת ז'ול אמסטר: ב-14 במאי1948 נעצר ז'ול אמסטר והועבר למתקן של ש"י, שם נחקר תחת עינויים במשך 76 ימים. נטען אז כי המניעים למעצר היו פוליטיים, עקב קשריו של אמסטר עם אבא חושי, יריבו הפוליטי של בארי. בארי נחשד גם בזיוף מברקים שנועדו להפליל את אבא חושי בבגידה.

2 הפרשות הנוספות הם רצח עלי קאסם והוצאתו להורג של טוביאנסקי.