ראשית, מספר הבהרות:
PhpMyAdmin היא תוכנה לניהול מסדי נתונים, ולכן פורום זה בהחלט מתאים לשאול על שימוש והגדרות בתוכנה.
תוכנת PhpMyAdmin פועלת בין השאר על גבי שרת אינטרנט, ושרתי אינטרנט אינן חלק מעיסוק פורום זה (אלא אם הבעיה קשורה באופן ישיר לנושא שכן נידון בפורום זה).
תוכנת PhpMyAdmin כתובה בשפת PHP - גם היא לא נמנית על תחומי עיסוק פורום זה.

ולגבי הבעיה:
בהתאם לתיאור סביר להניח שהבעיה היא בהגבלה כלשהיא בהעלאת הקובץ לשרת, בעיה שעלולה להגרם ממספר מגבלות כגון הגבלת נפח העלאה, זכרון, משך זמן חיבור וכדומה. ובמקרה זה, כנראה מהגבלת נפח קובץ מקסימלי להעלאה.
הפתרון הוא לשנות את ההגדרות המתאימות.
תוכל לשנות זאת בקובץ ההגדרות של PHP (אותו קובץ שהזכרת - php.ini), ובהתאם להגדרות השרת, גם בקובץ htaccess.
רתצוי להגדיר את ההגדרות הבאות: נפח קובץ מקסימלי להעלאה, נפח נתונים מקסימלי לבקשה, נפח זכרון מקסימלי לעיבוד, משך זמן העלאה (זמן העלאה של דקה גם יצור הגבלה בקבצים גדולים, כמובן בהתאם למהירות החיבור).

עבור קובץ htaccess תוכל להעזרה בהגדרות הבאות:

קוד:

php_value max_input_time 1800
php_value upload_max_filesize '20M'
php_value post_max_size '20M'
php_value memory_limit '21M'

אני מניח שבתיעוד הרשמי, כמו גם בפורום PHP או בניית אתרים, תוכל למצוא מידע נוסף ועזרה אודות הגדרות השרת.