סגן שר הביטחון, שמעון פרס, העביר באוגוסט 1962 מסר נרגש אך תקיף לעמיתו הגרמני, שר הביטחון של גרמניה המערבית, פרנץ יוזף שטראוס. "ישראל היא פליטה מעם שלם. חשבנו (וכפי שאני יודע זו גם מחשבת הקנצלר ומחשבתך) שהיא רשאית לשכון לבטח ושגרמניה החדשה תעשה את אשר לאל ידה לתרום לביטחונה גם על ידי עזרה חיובית וגם על ידי מניעת עידוד מאויביה", כתב פרס.
דבריו של פרס הועברו לעמיתו הגרמני בעל פה באמצעות נציגות ישראל בקלן, שהיתה באופן בלתי רשמי השגרירות הישראלית בגרמניה, שלוש שנים לפני כינון היחסים הדיפלומטיים בין המדינות. הרקע להם היה הניסיון לשכנע את גרמניה למנוע את פעילות המדענים והטכנאים הגרמנים שעסקו בפיתוח טילים ואולי אף נשק להשמדה המונית עבור מצרים.
שלוש שנים לפני שכוננו יחסים דיפלומטיים מלאים בין המדינות, ב-1965, התקיימו שיחות רבות בין נציגי ישראל וגרמניה המערבית סביב פרשיות שונות ובהן משפט אייכמן, השילומים ופרשיות נוספות שהעיבו על היחסים – וביניהם גם המדענים הגרמנים שפעלו במצרים.
תחילת הפרשה ביולי 1962, כשמצרים ביצעה ניסוי מוצלח בשיגור טילים. ב-23 ביולי, יום השנה להפיכה במצרים, נערך
לצפייה במקור באתר YouTube, לחצו כאן.. ישראל קיבלה מידע שלפיו הטילים שהוצגו פותחו בעזרתם של מדענים זרים, במיוחד יוצאי גרמניה המערבית, שסייעו למצרים. לאחר שהתקבלו ידיעות על אפשרות שימוש בחומר רדיואקטיבי על ידי המצרים בעזרתם של המומחים הזרים, פתחו שירותי הביטחון של ישראל בחקירה ובפעולה נגד המדענים.
המצעד הצבאי בקהיר
במקביל, פעלה ישראל גם בערוצים המדיניים להחזרת המדענים לגרמניה. כבר באוגוסט 1962, פנה פרס לשר ההגנה הגרמני, פרנץ יוזף שטראוס וביקש ממנו שגרמניה תנקוט צעדים להפסקת פעולה זאת. במסמך, שהתפרסם היום, כתב פרס: "רצינות הנושא שאני רואה חובה להביא לפניך, הביאני לדלג על נימוסים דיפלומטים מקובלים ולנקוט בפנייה אישית בענין שהוא ביסודו של דבר לאומי. שיגור הטילים על ידי מצרים גרם לדאגה חמורה בישראל. דאגה זו אינה מוגבלת רק לאופיו של הנשק אלא גם למשמעותו המדינית: מצרים אינה שואפת לנשק לצרכי הגנתה... אין, אפוא, פלא שבד בבד עם שיגור קליעיו, נשא נאסר נאומים חריפים במיוחד שמהם משתמע ביטחון גובר בסיכוייו לתקוף את ישראל ולהכחידה. אין אנו מודאגים רק מהנושא הסופי של המלחמה - ניצחון או מפלה - אלא מראשיתה, המחיר התובעני שלה בדם".
פרס הפנה אצבע מאשימה חריפה כלפי גרמניה. "לא היה זה נשק שהובא מרוסיה או מצ'כיה, אלא נשק שפותח במצרים עצמה וכל מי שיודע את רמתה של מצרים ורמת מדעניה יודע יפה שאין בכוחה לפתחו מבלי לקבל עזרה רצינית מבחוץ. נשאלת, אפוא, השאלה: מי עזר למצרים? וכאן אני מגיע לנקודה שהידידות האישית בינינו מחייבת אותי לדבר בלשון ברורה בכדי להעמידך על רצינות העניין. התשובה הרווחת היא שהעזרה העיקרית לכך באה מצד בני עמך... ביודעי כמה אתם הייתם מזדעזעים לרעיון שגרמניה החדשה עלולה להיות שותפה במישרין ובעקיפין במאמץ המצרי-סובייטי להשמיד את ישראל, אני מוצא מחובתי לא רק להסב את תשומת לבך לתמונה המצטיירת, אלא גם להעביר לך מספר שאלות מאלה המנקרות בלב אחדים מאתנו", כתב פרס.
בין השאלות שהפנה לעמיתו הגרמני היו אלה: "כיצד זה יתכן ששירותי הביון של גרמניה הפדרלית, אין להם מושג על כל הפעילות הזאת?". וכן: "היתכן שאיש מהשגרירות הגרמנית במצרים לא היה ער לכל ההתפתחות הזאת?". פרס דרש לדעת: "האם אין במצב זה משום סתירה לכל הדברים החשובים מאד שממשלת מערב גרמניה עשתה בכדי ליצור יחסים חדשים עם העם היהודי?", וביקש מעמיתו לדאוג לכך שהממשלה הגרמנית תפסיק את הפעילות הזו בעתיד.
"כפי שאתה רואה, אני פונה אליך ללא כל קומפלקסים... שוב ושוב אני מוצא מחובתי הלאומית והאישית להעמידך, ללא כחל וסרק, ובמהירות האפשרית, על המצב שהולך ונוצר. מצב שלא אתה ולא אנחנו מעוניינים בו לפתוח פצע שהולך ונגלד ולהפכו לטרגדיה בעלת מימדים ומשמעות מחרידים. ישראל היא פליטה מעם שלם. חשבנו (וכפי שאני יודע זו גם מחשבת הקנצלר ומחשבתך) שהיא רשאית לשכון לבטח ושגרמניה החדשה תעשה את אשר לאל ידה, לתרום לביטחונה גם על ידי עזרה חיובית וגם על ידי מניעת עידוד מאויביה".
בהמשך, נדונה הפרשה גם בכנסת. ב-20 במארס 1963 הצהירה שרת החוץ גולדה מאיר כי לא מזמן נודע שקבוצת מדענים ומאות טכנאים גרמנים במצרים עוסקים "בפיתוח טילי התקפה במצרים, ואפילו בפיתוח נשק אסור מבחינת המשפט הבינלאומי, המשמש למטרה בלעדית של השמדת החי”.
דבריה של מאיר היו נוקבים: "זה זמן רב חותר שליט מצרים לאגירת כוח רב כדי להגשים מטרתו המוצהרת להחריב את מדינת ישראל, וזה שנים זורם נשק רב למצרים. לאחרונה נוסף גורם חדש – קבוצת מדענים ומאות טכנאים גרמנים העוזרים בפיתוח טילי התקפה במצרים, ואפילו בפיתוח נשק...מבחינת המשפט הבינלאומי, המשמש למטרה בלעדית של השמדת החי. סוגי נשק אלה, אשר מעצמות אחרות אינן מוכנות ואינן מעוניינות לספק למצרים, מנסה ממשלת מצרים להשיג באמצעות חבורת מדענים מופקרים, המוכנים לא רק לעשות רצונה של מצרים, אלא תורמים גם מרצונם הם למטרה זו.
“ממשלת גרמניה איננה יכולה להישאר אדישה לעובדה ש-18 שנה אחרי נפילת המשטר ההיטלראי, שגרם להשמדתם של מיליוני יהודים, מופיעים שוב בנים של העם הזה במעשים המיועדים להשמיד את מדינת ישראל, אשר בתוכה נתקבצו ניצולי השואה וההשמדה", סיכמה מאיר.
לצד המאמצים הדיפלומטיים, גם המוסד פעל לסיכול הפעילות הגרמנית במצרים. מדען גרמני נעלם במצרים, אחרים קיבלו מעטפות נפץ ואיומים ושני סוכני מוסד נעצרו בשווייץ. פרשת המדענים הגרמנים במצרים הסתיימה תוך זמן קצר, בהסתלקותם. היא הביאה גם להתפטרותו של ראש המוסד, איסר הראל, בסוף מארס 1963, על רקע חילוקי דעות עם ראש הממשלה בן גוריון וסגן שר הביטחון פרס, שחששו מההשפעה של פעילות המוסד נגד המדענים הגרמנים – על יחסי ישראל-גרמניה.