רק כדי להיות בטוח שהבנתי את השאלה שלך נכון...

יש לך כונן פיזי אחד בגודל 500GB שמחולק ל-2 כוננים לוגית (C ו-D לדוגמה) ואתה רוצה להפוך אותם לכונן לוגי (C לדוגמה) אחד בלבד, נכון?

הערה כללי:
אין קשר (חזק) בין עוצמת המחשב לבין כמו שכוננים שעליו, אז לא צריכה להיות לך בעיה.

אם הבנתי נכון: בהנחה ולא התקנת כלום על הכונן השני ואין לך הפניות אליו לא צריכה להיות לך בעיה לאחד בין הכוננים.

אם לא הבנתי נכון ומדובר על 2 כוננים פיזים נפרדים אז יש לך 2 אפשרויות:
1. שרשור הכוננים ברמת החומרה.
2. שרשור הכוננים ברמת מערכת ההפעלה.

סעיף 1 אפשרי באמצעות לוח אם תומך RAID כפי שramboli הציע, זו השיטה העדיפה היות והיא אמינה יותר, מאפשרת יכולות מתקדמות יותר ופחות תלויה בעליה תקינה או בהתנהגות תקינה של מערכת ההפעלה (תוכנה עדיין פחות אמינה מחומרה)
סעיף 2 אפשרי באמצעות מערכת ההפעלה, אך יש מספר מגבלות, והחשובה שבהם היא שאסור שאף אחד מהכוננים/מחיצות שאתה מאחד יהיה זה שמערכת ההפעלה רצה עליו (כלומר - אם הwindows שלך מותקן על כונן C - לא תוכל לאחד אותו עם כונן פיזי אחר)