עוסק פטור הוא מושג של מע"מ.
חוק מע"מ חל רק על "עסקאות", משכורת אינה מוגדרת כ"עסקה".
לפיכך, מגבלת מחזור הכנסות של 64,000 ש"ח חלה רק לגבי הכנסותיך כעצמאי ואין לה קשר למשכורת.

מס הכנסה חל על כל הכנסותיו של אדם, והמס שתשלם יהיה על 2 המשכורות בצירוף רווחיך מה"עסק" (אם יהיה רווח - כי יהיו לך גם הוצאות...)
אין הבדל באחוזי מס הכנסה בין משכורת לעסק עצמאי, לצורך הדוגמא: אם אדם מרוויח 5,000 ש"ח בחודש - זה לא משנה החלוקה הפנימית - כמה בתור עצמאי וכמה בתור שכיר.

מס נוסף במשק הוא ביטוח לאומי - דווקא כאן יתכן ותוכל לקבל פטור ממס על הכנסותיך כעצמאי, אם תעמוד ב-3 תנאים יחד:
1. הכנסתך כעצמאי נמוכה מההכנסה כשכיר
2. עבודתך כעצמאי היא פחות מ-12 שעות בשבוע
3. הכנסתך כעצמאי נמוכה ממחצית השכר הממוצע במשק

מס הכנסה בודק נישומים לפי קריטריונים משלו. בעלי הכנסות גבוהות נבדקים יותר מבעלי הכנסות נמוכות.
אין סיבה שיחליטו כי אתה מרוויח יותר ממה שתצהיר - אם אכן תצהיר אמת ולא יהיו עדויות סותרות.