תחת כישורי הנינג'ה ניתן לכלול את הדברים הבאים:
1. Seishin Teki Kyoyo - זיקוק רוחני
2. Tai Jutsu - לחימה בידיים ריקות
3. Ken Jutsu - טכניקות חרב
4. Bo Jutsu - מקל ארוך
5. Shuriken Jutsu - להבי הטלה
6. Yari Jutsu - טכניקות חנית
7. Naginata Jutsu - טכניקות נגינטה
8. Kusarigama Jutsu - טכניקות קוסריגמה
9. Kayaku Jutsu - טכניקות אש וחומרי נפץ
10. Henso Jutsu - טכניקות הסוואה והתחזות
11. Shinobi Iri - שיטות התגנבות וכניסה שקטה
12. Ba Jutsu - רכיבה על סוסים
13. Sui Ren - אימוני מים
14. Bo Ryaku - אסטרטגיה ותכסיסנות
15. Cho Ho - ריגול
16. Inton Jutsu - טכניקות בריחה והסתתרות
17. Ten Mon - ניתוח וחיזוי מזג האויר
18. Chi Mon - גאוגרפיה
מתוך:
www.ninpo.org.il
הנינג'וטסו לא מבוסס על אמנויות לחימה יפניות אחרות כמו קרטה ואיידו וכו', הנינג'ה למדו טאי ג'וטסו וזה מכיל את הטכניקות של יד ריקה (קרה-טה) בלי קשר למה שמכונה היום קרטה. למדו קן-ג'וטסו, טכניקות לחימה בחרב. ברור שבשביל להלחם בחרב צריך לשלוף אותה - אייאי-ג'וטסו
וכן הלאה...</FONT>