בהארדיסק

כאשר אתה מבצע עגינה (mount) למחיצה שתשמש כמערכת השורש שלך אתה עוגן אותה ב
/mnt/gentoo

כל מה שנמצא שמה , שייך למחיצה הזאת (אתה יכול גם לבצע עגינה ל /mnt/gentoo/boot שתהיה מחיצה אחרת)

(בשלב מתקדם בהתקנה מבצעים שינוי תיקית השורש (chroot) ל /mnt/gentoo)