מזכיר הממשלה יצחק הרצוג נחקר בפרשת העמותות ושמר על זכות השתיקה
במשטרה הדגישו כי חקירת פרשת העמותות נפתחה בהנחית היועץ המשפטי לממשלה. בדו"ח מבקר המדינה שהביא לפתיחת חקירת המשטרה נטען כי הרצוג היה אחד המעורבים העיקריים בהקמת והפעלת העמותות שפעלו לבחירתו של אהוד ברק לראשות הממשלה על פי הדו"ח היה הרצוג אחראי על העברת סכומי כסף גדולים למימון פעילות העמותות . עיקר הכסף למימון העמותות הועבר על פי חשד מחשבונות קרן קמיליה הבינלאומית שהרצוג ניהל את חשבונותיה.
ההסתבכות
שנות האלפיים הכתימו את היורשים לבית הרצוג. האח הגדול יואל הורשע בצרפת בפרשת שוחד, במסגרת ניהול עסקיו של נסים גאון, ובוז'י, שתק בחקירות ב"פרשת העמותות", עד שהתיק נגדו נסגר מחוסר ראיות